Добрый день!
Цитата: ИП ликвидировался.
ИП не может ликвидироваться - это не организация, а статус физического лица. Поэтому можно просто прекратить статус ИП, но субъект права - физическое лицо - никуда не денется. Поэтому арендатором у вас остается физическое лицо, не имеющее статуса ИП.
Цитата: Перерегистрировать договор на ООО Администрация округа отказалась.
Без их согласия передать этот договор третьему лицу у вас не получится, к сожалению.
Цитата: ООО платит ЕНВД за точку у которой договор аренды с несуществующим ИП. Как поступить в такой ситуации?
Надо смотреть на условия договора вашего. Во-первых, может ли арендатор пускать в это помещение третьих лиц (ООО) в принципе. Если не может, то уже нарушение и повод для отказа от договора со стороны администрации.
Если может, то смотрите как именно - допустима ли субаренда. Если да, то сдайте помещение в субаренду ООО, но это повлечет дополнительную налоговую нагрузку. Зато у ООО будет юридическое основание для нахождения в этом помещении.
Также возможен вариант ссуды или передачи прав аренды в качестве взноса в УК или вклада в имущество, если это допускается уставом ООО (и договором аренды, конечно).